本校通識教育課程內含共同必修共10學分，包括「馬偕講座」、「中文閱讀與思辨」、「中文閱讀與寫作」與「英文」等課程。通識選修課程包括「天、地、人、心」四大領域及語文領域。

馬偕醫學院自98學年度開始招生以來，隨著領域課程之開設與成效檢討，全人教育中心持續修訂通識學分之畢業規定。99學年度規定全校學生需於畢業前修畢領域通識20學分，「天」、「地」、「人」與「心」每一領域至少須修4學分，加上共同必修12學分，合計共32學分。隨後因應教育部要求降低減少畢業必修學分之政策，100學年度修訂為畢業前須修畢領域通識16學分，每一領域至少須修習2學分；此外，須再修習4學分的語文選修課。102學年後再因應本校醫事專業學系差異，除醫學系保持前述修課規定外，護理學系/聽語學系則修訂須於畢業前修畢領域通識12學分。106學年度因應醫學系改制，將通識領域選修調整為14學分，與校內其他學系之修業規定一致。自112學年度起，國文課程轉型為「中文閱讀與思辨」及「中文閱讀與寫作」等2課程。