本校於主後2012年6月28日星期四下午13:20至15:30時，假本校馬偕講堂進行馬偕醫學院二期校舍新建工程上樑典禮，與會者包括台灣基督長老教會總會議長布興大立牧師、北部大會前議長林信明牧師、馬偕紀念醫院施壽全副院長、馬偕醫學院董事會各董事、三芝長老教會林信琍牧師、三芝區公所俞美如主任秘書、利晉工程公司、潘冀聯合建築師事務所及本校教職員等蒞臨此次盛會，共計約有120人與會。會中並以創新作法，由資訊中心規劃設計以戶外網路視訊，將二期宿舍A棟樓頂下鋼筋及上樑鏡頭傳遞至會場，贏得與會者讚賞。本校二期校舍新建工程內容包括學生宿舍、教研大樓、活動中心等，建築工期自2011年9月23日起算，完工日(使照取得日)分別如下：1.A棟學生宿舍預計將於2012年9月6日完工；2.第二教研大樓、B棟學生宿舍及公共設施預計將於2012年11月20日完工；多功能教學活動中心2013年1月4日完工。願上帝保守工程順利進行及完工，讓未來進入馬偕的學子擁有更完善的教學環境及設備，接受優質高等教育，傳承馬偕博士醫療傳道精神。